Προκαταρκτική έρευνα διέταξε η Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών στην Κιβωτό του Κόσμου, μετά από καταγγελίες που έφτασαν στον Συνήγορο του Πολίτη για τις συνθήκες διαβίωσης μέσα στις δομές της οργάνωσης καθώς και για σεξουαλική και όχι μόνο κακοποίησης τουλάχιστον ενός ανηλίκου.
Μέχρι στιγμής ανάμεσα στα άτομα που έχουν κληθεί να καταθέσουν στην Υποδιεύθυνση Προστασίας Ανηλίκων της Ασφάλειας Αττικής, είναι και ένας νεαρός ο οποίος υποστηρίζει πως πρόσωπο το οποίο υπηρετεί στη Μη Κερδοσκοπική Οργάνωση ασελγούσε σε βάρος του από τον Σεπτέμβριο του 2020 μέχρι τον Ιανουάριο του 2022, του συμπεριφερόταν με υποτιμητικό και εξευτελιστικό τρόπο, τον υποχρέωσε να σταματήσει το σχολείο, να εργάζεται και στην ουσία, όπως ανέφερε, τον εκβίαζε να μην μιλήσει ώστε να τον έχει πάντα κοντά του. Διαφορετικά, τον απειλούσε πως θα έκοβε το επίδομα της ανήμπορης μητέρας του και θα έχανε τη δουλειά του ο μεγαλύτερος αδερφός του.
Σύμφωνα με τις αναφορές των αρμοδίων υπηρεσιών, όλα ξεκίνησαν από την καταγγελία του «Συνηγόρου του Πολίτη» στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών. «Διενεργείται προκαταρκτική εξέταση, δυνάμει εισαγγελικής παραγγελίας, προς διερεύνηση αξιόποινων πράξεων, της “κατάχρησης ανηλίκου που συμπλήρωσε τα 14 έτη και μη από οικείο, κατά συρροή και κατ΄ εξακολούθηση” και της “σωματικής βλάβης αδύναμων προσώπων κατά συρροή, άπαξ και κατ’ έξακολούθηση” που φέρεται να τελέστηκαν ή να τελούνται σε βάρος ανηλίκων φιλοξενούμενων στις δομές της Μη Κερδοσκοπικής Εταιρείας “Κιβωτός του Κόσμου” με έδρα την οδό Ζηνοδώρου στον Κολωνό και συγκεκριμένα στις δομές της Αθήνας, Πειραιά, Χίου, Πωγωνιανής Ιωαννίνων, Βόλου και Καλαμάτας ύστερα από έγγραφη αναφορά – καταγγελία που απέστειλε η Ανεξάρτητη Αρχή “Συνήγορος του Πολίτη” στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών».
